OS上でも調整できますが、ルータで調整してしまったほうが調整対象が少ないので楽です。
そして、MTUよりもMSSで調整してしまうのほうが手っ取り早そうです。
なお、MSSのカラクリは、
http://jehupc.exblog.jp/21558500
や
http://www.infraexpert.com/info/5.3adsl.htm
に素敵な解説が載っています。
Ciscoルータの関連コマンド、
ip tcp adjust-mss
YAMAHAルータの関連コマンド、
ip tunnel tcp mss limit
